会计学院是南京审计大学最早设置的院系之一，始建于1983年。1993年会计系独立，设有财务管理教研室。1997年设立财务管理专业，招收第一届财务管理专业本科生。财务管理专业是江苏省重点类专业——工商管理类专业之一。

经过多年的专业建设，财务管理专业取得了一系列的成就，其中，《财务管理》（4029110138）获批江苏省精品课程建设课程，《Financial management》,《Management Accounting》两门课程获省级全英文精品课程建设立项，管理会计教学团队和财务管理教学团队为校级优秀教学团队，《成本会计》为校级精品课程。《公司理财》课件荣获全国第十八届教育教学信息化大奖赛高等教育组课件二等奖。

财务管理专业培养的学生应具有一定的人文社会科学和自然科学基本理论知识，具有独立获取知识、发现问题、分析问题和解决问题的基本能力及开拓创新精神；具备本专业必须掌握的财务管理方面的基本理论、基本知识和基本业务技能，知识结构、能力结构和素质结构合理；具有处理财务管理等方面业务的基本技能，创新实践能力强；了解本学科的理论前沿和发展动态，具有一定的科学研究能力。

财务管理专业培养的学生适应社会主义市场经济建设的需要，品格高尚，社会责任意识强烈，专业基础扎实，综合素质高，职业迁徙能力强，能够应用财务管理学方面的理论知识和业务技能，在企事业单位、政府部门等各类组织机构从事财务管理和咨询等的复合型高级财务人才。 

财务管理专业设置的主要课程包括政治经济学、微观经济学、宏观经济学、管理学、市场营销、统计学、金融学、经济法、计量经济学、管理信息系统、基础会计、中级财务会计、财务管理、高级财务管理、国际财务管理、成本会计、管理会计、审计学、公司战略与风险管理等。