会计学院是南京审计大学最早设置的院系之一，1983年开始招收会计学专业专科生，1985年成立会计学系，2005年成立会计学院。1993年开始招收会计学专业本科生，1997年开始招收财务管理专业本科生，2013年取得会计学硕士学位授予权，2014年开始招收会计学学术硕士研究生，2015年开始招收会计专业硕士研究生。会计学专业和财务管理专业分别被评为首批（2019年）、第二批（2021年）国家级一流本科专业建设点。2023年获批工业和信息化部专精特新产业学院（方向：大数据智能风险管理）。
学院拥有会计学、财务管理两个国家级一流本科专业建设点，会计学（中澳合作项目）是江苏省中外合作办学高水平示范建设项目，会计学专业是江苏省首批课程思政示范专业、江苏省国际化品牌专业、江苏省产教融合型品牌专业、江苏省特色专业、江苏省重点专业类工商管理专业类核心专业；财务管理专业为江苏省重点专业类工商管理专业类专业，“会计实验与创新实践教育中心”为江苏省高等学校实验教学示范中心。
学院师资力量雄厚，现有教职工80多人，教授16人，副教授24人，82%的教师具有博士学位。其中，教育部课程思政教学团队1个，教育部课程思政教学名师6人，教育部会计学专业教学指导委员会委员1人，财政部“全国会计名家工程”1人，财政部“全国会计领军人才”2人，3名教师担任财政部管理会计咨询专家、内部控制标准委员会咨询专家、政府会计准则委员会咨询专家，有江苏省六大高峰人才1人，江苏省“333”工程第二层次培养对象1人，江苏省“333”工程第三层次培养对象5人，江苏省“青蓝工程”优秀教学团队1个，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人6人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师7人。多名教师入选省部级人才工程，担任中国会计学会专业委员会委员、江苏省财政厅咨询专家等学术职务。
学院的学科建设和人才培养成效显著，会计学和财务管理专业所属学科“工商管理”是江苏省高校优势学科建设项目，“软科”中国最好学科排名中，工商管理学科进入前11%。“会计（审计）学”为江苏省重点学科，“软科中国大学专业排名”中会计学专业排名前8%，财务管理专业排名前5%，全部进入A类层次。学院近年来承担国家自然科学基金项目、国家社科基金重点项目和一般项目等省部级以上科研课题近30项，积极参与国家有关标准的制定，为企事业单位提供决策咨询服务。
学院持续开展人才培养改革，主持教育部首批课程思政示范课程、教育部首批新文科研究项目等12项教学改革项目，获国家级教学成果奖1项，江苏省教学成果奖2项，《高级财务会计》等13门课程获评国家级课程和省级课程。通过科学研究、教学改革、社会服务、产学合作等全方位持续提升人才培养质量。
随着互联网、大数据、人工智能等信息技术的快速发展，企事业单位的运营环境发生了颠覆性变化。会计学院坚持“思政引领、科技赋能、学科交叉、产教融合、国际视野、特色发展”的原则，在全国率先进行财会专业的全面智能化升级，在培养方中全面融入《智能财务共享》《商业智能分析》《大数据财务决策》《大数据审计》等课程，突出“财会本色、审计底色、智能亮色、行业特色”，构建了“一体两翼六协同”的培养体系和五大保障体系，引领财会类专业人才培养的智能化升级。
毕业生被中华人民共和国外交部、审计署、华为技术有限公司、中国工商银行、中核集团、毕马威、安永、天健等会计师事务所等政府机关和企事业单位录用。用人单位普遍反映我院毕业生“作风硬、上手快、后劲足、素质高”。同时，30%以上的学生考取北京大学、复旦大学、中国人民大学、南京大学、上海财经大学、澳洲国立大学、墨尔本大学等国内外名校的研究生，继续升造。
在40年的办学历程中，会计学院坚持“特色、质量、国际化”的办学理念，面向市场，接轨国际，为国家培养了一大批优秀人才，正在向“整体实力强、学科方向特、人才质量高、社会服务优、国际影响大、综合评价好”的高水平会计学院发展。
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